تُدار النفايات داخل كلية الصيدلة بشكل منظم لضمان سلامة البيئة والعاملين، من خلال تصنيفها إلى فئات محددة ووضع حاويات مخصصة لكل نوع. حيث تُخصص حاويات للنفايات البلاستيكية، وحاويات للنفايات الورقية، وحاويات للمواد الكيميائية، وحاويات للنفايات الزجاجية. أما النفايات الخطرة، التي تحتوي على مواد كيميائية أو بيولوجية أو إشعاعية، مثل البطاريات والأدوية منتهية الصلاحية والكواشف الكيميائية والنفايات الطبية، فيتم التعامل معها وفق إجراءات صارمة تضمن سلامة العاملين والامتثال للمعايير الصحية والبيئية. كما تشمل النفايات الإلكترونية، مثل الحواسيب والهواتف والشاشات والأسلاك والأجهزة المعطوبة، والتي يتم جمعها ومعالجتها بطريقة آمنة لحماية البيئة من المواد السامة والمعادن الثقيلة. ويساهم الالتزام بهذه الإجراءات في خلق بيئة أكاديمية نظيفة وصحية تشجع الجميع على المشاركة بإيجابية في الحفاظ على البيئة.